知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他...

神秘的EVA零號機駕駛員綾波麗，在與碇元度約定之時，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。她的命運似乎就將在此結束。...

在一個風雨交加的晚上，一伙神秘的人策馬狂奔向下田村的方向，之后這個村子就爆發了一場瘟疫，所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下，甲賀組眾忍者前往該村調查，不料路上遇到一個刀槍不入的彪形大漢的襲擊，只有忍女陽炎（筱原惠美 配音）在一個男子的幫助下虎口逃生。幫助陽炎的這個人 就是牙神獸兵衛（山寺宏一 配音）， 不久之后他中了那個大漢的埋伏，兩人一場血斗，最后獸兵衛險勝。這時一個自稱是將軍手下公義的小老...