晴朗時節，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛隊的宙斯盾戰艦，體驗一把出海作戰的感覺，期間還結識了美麗又有著幾分神秘的女自衛隊員藤井七海（柴咲幸 配音）。誰知快樂的氛圍很快被恐慌所替代，戰艦上突然發現一條斷掉的手臂，消失的自衛隊員又引起軍方的恐慌與猜測。原來某國神秘間諜X已悄悄登上宙斯盾，伺機盜取戰艦...

二戰后的十數年，日本從戰敗的陰影中逐漸走出，進入了經濟高度增長的時代。然而強硬的經濟政策也導致失業率的不斷攀升，各種反政府武裝勢力不斷抬頭，安定的社會治安蕩然無存。為了應對這一難題，政府建立了擁有高度自主權的首都圈治安警察機構，通過精良的裝備和果斷的武力來打擊以“黨派”為首的反政府組織。隨著經濟不斷發展，崇尚暴力的首都圈警察和“黨派”逐漸遭到民眾的厭棄和孤立。...