或許過去，又或許未來，人類大規模向宇宙殖民。當人口膨脹到五千億的時候，散落在宇宙各個角落的人類返回故土地球，卻引發了傷亡慘重的歸鄉戰爭。為了保護地球這片圣地，人類制定了蓋亞制裁，約定不許任何人染指這里。可是曾經作為聯合艦隊艦長的哈洛克（小栗旬 配音）卻背叛蓋亞制裁，駕駛著他的阿爾卡迪亞號高舉叛旗，成為逃逸一百年之久的通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亞馬（三浦春馬 配音）混入阿爾卡迪亞號，探尋尼伯龍根人發明的永動機的秘密。在此期間，哈洛克率領船員向地球挺近，而聯合艦隊則在太陽系布下天羅地網阻擋他的步伐。遙遠的故土，失落已久的真相，令所有人為之震驚……